NetworkManager может сохранить URL PAC или импортировать скрипт

Свойство proxy.pac-url в NetworkManager хранит адрес, откуда можно получить файл PAC. proxy.pac-script хранит сам JavaScript в UTF-8. Это два отдельных свойства конфигурации.

Для существующего профиля, который использует PAC, обновляемый удалённо:

nmcli connection modify "office" proxy.method auto \
  proxy.pac-script "" \
  proxy.pac-url "https://config.example.net/proxy.pac"

Либо текущий nmcli может прочитать локальный файл при задании pac-script:

nmcli connection modify "office" proxy.method auto \
  proxy.pac-url "" \
  proxy.pac-script "file:///home/alex/proxy.pac"

Во второй форме nmcli читает файл и сохраняет его содержимое как скрипт. Он не хранит живую ссылку, которая автоматически отслеживала бы последующие изменения этого файла. Повторите импорт конфигурации, когда сохранённый скрипт нужно обновить.

Скрипт должен определять FindProxyForURL. Примените изменённый профиль через обычный цикл активации соединения и проверьте фактический маршрут участвующего клиента. Оцените результат PAC для запрошенного назначения. Сохранение метаданных прокси NetworkManager не заставляет произвольные сокетные приложения использовать их.