about:support を開き、プロファイルフォルダーの操作を使います。.default で終わる例のディレクトリは、別のセッションのものかもしれません。

そのプロファイル内のファイル期待できること
prefs.jsFirefox はユーザー設定をここに書き込みます。通常、既定値と異なる値だけが保存されます
user.jsFirefox が読み取るものの維持はしない、任意の起動時値

network.proxy の項目を、有効な prefs.js の中で読みます。項目がないことは、設定そのものが存在しないことを意味しません。

再起動後に値が戻る場合は、user.js も確認してください。その起動時の割り当てが、ブラウザーで変更した値を再適用することがあります。

Firefox で 設定を変更するほうがよいでしょう。どうしてもオフラインでファイルを編集する場合は、ブラウザーを閉じて先にバックアップを取ってください。実行中のブラウザーが prefs.js を管理し、書き換えます。

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